Bài chính: Cuộc nổi dậy Nông Văn Vân

Vào đời vua Minh Mạng, ở một số tỉnh miền núi như Tuyên Quang, Thái Nguyên, Lạng Sơn, Cao Bằng...nhà vua đặt chức lưu quan do người Kinh nắm giữ ở bên cạnh các quan đứng đầu là người dân tộc. Do họ thường hay ức hiếp, nhũng nhiễu, nên các thổ quan và người dân rất căm ghét, chỉ chờ dịp nổi lên đánh đuổi [3].

Tháng 5 (âm lịch) năm Quý Tỵ (1833), Lê Văn Khôi (em vợ Nông Văn Vân) vì bất mãn đã khởi binh chiếm lấy thành Phiên An ở Gia Định. Vua Minh Mạng lập tức cử quân đi đánh dẹp, đồng thời lệnh cho quan lại ở Cao Bằng truy nã vợ con và họ hàng Lê Văn Khôi đang cư ngụ ở đó.

Theo sử liệu, thì viên Án sát Cao Bằng là Phạm Đình Trạc liền ra lệnh bắt hai con, 1 người em ruột và 14 người thân thuộc của Lê Văn Khôi. Lại sai đào mả ông nội (Bế Văn Sĩ) và cha đẻ (Bế Văn Kiện hay Viên) của Lê Văn Khôi rồi đốt hài cốt ra tro. Nông Vân Vân lúc bấy giờ đang làm tri châu Bảo Lạc cũng bị truy nã vì là anh vợ Khôi...[4]

Sẵn lòng căm ghét, Nông Văn Vân liền vận động các tù trưởng bất mãn, những người dân bị áp bức, được khoảng sáu ngàn người [5] cùng đứng lên chống Nguyễn. Việc làm đầu tiên của Nông Văn Vân là thích bốn chữ "Tỉnh quan thiên hối" (quan tỉnh thiên vị, ăn hối lộ) vào mặt phái viên do quan tỉnh cử đến rồi đuổi về.

Ngày 2 tháng 7 (âm lịch) năm Quý Tỵ (1833), Nông Văn Vân tự xưng là "Tiết chế thượng tướng quân", lập đại bản doanh ở Vân Trung thuộc châu Bảo Lạc [6], rồi dẫn quân đi đánh đồn Phúc Nghi (nằm bên hữu ngạn sông Gâm), đồn Ninh Biên (sau Minh Mạng cho đổi tên là An Biên, nay thuộc thị xã Hà Giang), và vây hãm thành tỉnh Tuyên Quang.

Thu được một số kết quả, nhiều tù trưởng, đông đảo nhân dân các dân tộc ở Việt Bắc, một số họ hàng của Lê Văn Khôi[7],và một số thợ mỏ người Hoa[8] đã tự nguyện đứng vào đội ngũ quân nổi dậy. Sách Bắc Kỳ tiễu phỉ (Quyển 47), chép:

Thổ phỉ Tuyên, Cao, Thái, Lạng lan tràn, chỗ nào cũng có đứa hùng trưởng, mà đều lấy giặc Vân làm chủ...

Sách Đại Nam thực lục (Quyển 18), chép:

Việc nổi loạn là do Nông Văn Vân xướng xuất, tù trưởng các châu đều họa theo và đều nhận chức quan của Vân...[9]

Để trấn áp lực lượng nổi dậy đang ngày càng lớn mạnh, vua Minh Mạng cho Tổng đốc Sơn Hưng Tuyên là Lê Văn Đức làm Tổng tiễu bộ Tuyên Quang thổ phỉ quân vụ, Thự tổng đốc Hải An là Nguyễn Công Trứ làm Tham tán, cùng mang hàng ngàn quân ra trận. Lại nghe quân nổi dậy vây đánh Cao Bằng, Lạng Sơn, Thái Nguyên...ngặt quá, nhà vua cử thêm An Tĩnh Tổng đốc là Tạ Quang Cự làm Tổng thống Lạng Bình quân vụ đại thần, đem quân lên mạn Cao Bằng, Lạng Sơn; và sai Tổng đốc Ninh Thái là Nguyễn Đình Phổ, đem lính cơ và súng thần công tới Thái Nguyên liệu bề đánh dẹp.

Phần vì địa hình hiểm trở, phần thì quân nổi dậy đã chiến đấu rất ngoan cường, đến khoảng cuối năm 1833, quân triều đình mới lần lượt thu lại được các tỉnh thành đã mất. Chỉ nói riêng về đạo quân chủ lực do tướng Lê Văn Đức chỉ huy, trên chặng đường từ Ninh Biên vào Vân Trung, phải mất một tháng rưỡi. Điểm lại quân số, khi đi có một vạn quân, vào đến Vân Trung đã có 2.400 lính ốm với hơn 100 tên bỏ mạng dọc đường, nhiều thổ dũng bỏ trốn, lúc đến Vân Trung chỉ còn non một nửa [10]. Tuy bị hao tổn nhiều, nhưng đạo quân của tướng Lê Văn Đức cũng vào được đại bản doanh Vân Trung và Ngọc Mạo (Đồng Mu ngày nay) [11].

Trong khoảng thời gian ấy (cuối năm 1833), Nông Văn Vân đang bị các đạo quân triều vây đánh rất ngặt. Để bảo toàn lực lượng, ông bèn gom quân chạy sang Trung Quốc. Nhưng khi quân triều vừa rút đi, thì Nông Văn Vân lại trở về nước (tháng Giêng năm Giáp Ngọ, 1834), lại tiếp tục tập họp quân đánh phá như cũ. Liệt kê một vài vụ nổi bật được chép trong Quốc triều sử toát yếu, trích:

-Tháng Giêng (âm lịch) năm 1834,...Giặc tỉnh Tuyên Quang là Nồng Văn Sĩ lại nhóm đảng hơn 1.000 người kéo đi đánh nhau với quan quân đạo Cao Bằng....Ngài (Minh Mạng) dụ rằng: ...(các tướng) đến thẳng Ngọc Mạo, Vân Trung, đạp bằng sào huyệt giặc, làm sao bắt chém được thằng Vân, thằng Đản, thằng Cẩn mới cho đem quân về.-Tháng 2 (âm lịch),...Đạo quân Cao Bằng đánh nhau với giặc ở Đinh Lãm bị thua, Tạ Quang Cự và Võ Văn Từ đều bị cách tước.-Tháng 3 (âm lịch),...Án sát đạo Thái Nguyên là Nguyễn Mưu, phó Lãnh binh Nguyễn Văn Ưng đánh giặc ở phố Bắc Nẩm bị thua. Quản cơ Nguyễn Văn Anh và Chánh đội Nguyễn Đình Cát đều tử trận, Mưu bị giặc bắt sống, Vệ úy Võ Văn Sơn bị giặc giết. Ngài nghe, Mưu phải cách chức...Giặc Thái Nguyên tràn xuống đồn Chợ Rã và Chợ Mới. Lãnh binh Nguyễn Văn Ưng lui đóng tại đồn Chợ Đô báo cho Nguyễn Đình Phổ đem quân phòng triệt và đem việc ấy tâu lên. Ngài sai đem thêm lính và voi tỉnh Hà Nội, tỉnh Nam Định, tiếp thêm đánh giặc.-Tháng 7 (âm lịch),...Đảng giặc Tuyên Quang là Nồng Văn Sĩ, Nồng Văn Hoành lại nhóm họp ở hạt Cấm Hóa tỉnh Thái Nguyên, đến hơn 1.000 người, chia làm 3 đạo: một đạo xuống đồn Bắc Kạn ở châu Bạch Thông, một đạo xâm qua đồn Gia Bằng tỉnh Cao Bằng, một đạo tới núi Tiêm Lĩnh tỉnh Lạng Sơn toan cướp lương... Cao Bằng, Thái Nguyên đều phái binh chống cự và đem việc tâu lên. Cũng trong tháng này, giặc Nông Văn Vân tấn bức tỉnh Cao Bằng (lần thứ hai); Bố, Án, Lãnh binh và Văn Hữu Xuân (đều) bỏ thành chạy lui về đồn Na Lãnh tỉnh Lạng Sơn...[12]